Вычислительный комплекс НП ЦПИ
Москва, 23 января 2003 года
Компания "ДАТА Технологии" в октябре – декабре 2003 года приняла участие в проекте по оснащению компьютерными системами первого создаваемого в России Центра протеомных исследований (ЦПИ), который разворачивается на базе Научно-исследовательского института биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН.
Первый этап проекта, реализованный в сентябре – октябре, стал крупным решением компании в области вычислительных кластеров и включал разработку и реализацию кластерного вычислительного комплекса ЦПИ для обработки больших объемов экспериментальных данных.
Кластер состоит из 16-ти узлов на базе двухпроцессорных подсистем AMD Athlon MP 2600+ (32 процессора) с высокоскоростной межпроцессорной коммуникационной средой Gigabit Ethernet.
Расчетно-вычислительный кластер ЦПИ вместе с имеющимися системами SGI для задач молекулярного моделирования размещен в специальном отдельном помещении, в котором поддерживается заданный климатический режим и осуществляется контроль доступа.
В декабре 2003 года компания "ДАТА Технологии" реализовала второй этап проекта сотрудничества с Центром протеомных исследований и Научно-исследовательским институтом биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН. Общий вычислительный центр этих организаций был оснащен сервером SGI Origin 350 (8 процессоров R16000 700 Mhz) и дисковой RAID подсистемой SGI TP900 общей емкостью на 600 GB, проведена установка и настройка компьютерного комплекса. Сервер поставлялся в комплексе со специализированным научным оборудованием для исследований и предназначен для проведения высокопроизводительных вычислений с обработкой экспериментальных данных в области биомедхимии на базе ПО SYBYL/Tripos.
Высокопроизводительные вычисления в компьютерном конструировании лекарств
Компания "ДАТА Технологии" в октябре – декабре 2003 года приняла участие в проекте по оснащению компьютерными системами первого создаваемого в России Центра протеомных исследований (ЦПИ), который разворачивается на базе Научно-исследовательского института биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН.
Первый этап проекта, реализованный в сентябре – октябре, стал крупным решением компании в области вычислительных кластеров и включал разработку и реализацию кластерного вычислительного комплекса ЦПИ для обработки больших объемов экспериментальных данных.
Кластер состоит из 16-ти узлов на базе двухпроцессорных подсистем AMD Athlon MP 2600+ (32 процессора) с высокоскоростной межпроцессорной коммуникационной средой Gigabit Ethernet.
 |
|
Расчетно-вычислительный кластер ЦПИ вместе с имеющимися системами SGI для задач молекулярного моделирования размещен в специальном отдельном помещении, в котором поддерживается заданный климатический режим и осуществляется контроль доступа.
В декабре 2003 года компания "ДАТА Технологии" реализовала второй этап проекта сотрудничества с Центром протеомных исследований и Научно-исследовательским институтом биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН. Общий вычислительный центр этих организаций был оснащен сервером SGI Origin 350 (8 процессоров R16000 700 Mhz) и дисковой RAID подсистемой SGI TP900 общей емкостью на 600 GB, проведена установка и настройка компьютерного комплекса. Сервер поставлялся в комплексе со специализированным научным оборудованием для исследований и предназначен для проведения высокопроизводительных вычислений с обработкой экспериментальных данных в области биомедхимии на базе ПО SYBYL/Tripos.
Высокопроизводительные вычисления в компьютерном конструировании лекарств
Необходимость высокопроизводительных вычислений в компьютерном конструировании лекарств диктуется как большими объемами обрабатываемых данных, так и необходимостью выполнения сложных итеративных расчетов. В связи с этим можно выделить два основных направления использования кластеров в этой области: итеративные расчеты (молекулярная динамика, множественное выравнивание аминокислотных последовательностей) и разного рода скрининги баз данных (поиск в геномах генов-мишеней для создания новых лекарств, поиск потенциальных лигандов заданного белка-мишени и т. п.).
Молекулярная динамика используется при решении широкого круга фундаментальных и прикладных задач. Применение кластера позволяет рассчитывать молекулярную динамику сложных молекулярных систем (белок-белковых комплексов и интегральных белков, встроенных в мембрану) в течение длительных (наносекундных) периодов при приемлемых затратах машинного времени (несколько суток вместо недель и месяцев на вычислительной технике традиционной архитектуры).
Поиск новых молекулярных мишеней в геномах наиболее часто применяется при создании новых противомикробных средств. В основе выбора новых мишеней лежит сравнение геномных последовательностей с помощью процедуры парного локального выравнивания. В настоящее время расшифрованы 180 бактериальных геномов и их компонентов, и в ближайшие годы ожидается существенное увеличение их числа. Решение задачи кросс-геномного анализа может быть легко распараллелено. Таким образом, высокопроизводительный 32-процессорный кластер на базе двухпроцессорных узлов в Центре протеомных исследований позволит существенно в несколько раз сократить затраты времени на прохождение вычислительной части пути "от генома до лекарства". Москва, 23 января 2003 года
Компания "ДАТА Технологии"
Решения, услуги, консультации в области ИТ, кластерных решений, систем SGI.
тел.: (095) 771-0124, 330-7401
info@datatec.ru
www.datatec.ru